طراحی پرایمرهای اختصاصی برای نشان دادن ژن‌های exoA، oprL و algD برای تشخیص سریع سویه‌های سودوموناس آئروژینوزا در نمونه‌های بالینی

Authors

  • ابطحی, حمید دانشکده پزشکی دانشگاه علوم پزشکی اراک
  • رشنو طایی, صدیقه دانشکده پزشکی دانشگاه علوم پزشکی اراک
  • طالعی, غلامرضا دانشکده پزشکی دانشگاه علوم پزشکی لرستان
  • غزنوی راد, احسان الله دانشکده پزشکی دانشگاه علوم پزشکی اراک
Abstract:

Background: The aim of this study was compared the efficacy of  the designed primers and already published primers for detection of the exoA, oprL and algD genes by PCR assay  for finding a rapid, accurate and highly sensitive and specific procedure to detect the Pseudomonas aeruginosa in the serious and fatal infections such as cystic fibrosis disease, burned individual.Methods: A total of 150 clinical specimens were inoculated in to routine and selective culture media for Pseudomonas aeruginosa isolation. Specific primers were designed by bioinformatics analysis for detection of the virulence genes exoA, oprL and algD. The available sequences of these three genes were obtained from NCBI and multiple alignments were performed to find the conserved sequences of each gene for primer designing. Both multiple alignment and primer designing steps were carried out by AlleleID software, version 7.0.Results: Microbiological culture methods were showed that 70 Pseudomonas aeruginosa strains isolated from the 150 clinical specimens. PCR assay performed by using the designed primers shown 68, 70 and 69 positive results from 70 direct specimens for exoA, oprL and algD respectively that shown 97.2%, 100% and 98.6% sensitivity for above genes. PCR assay performed by using the already published primers shown 57, 49 and 28 positive results for above genes respectively that shown 81.5%, 70% and 40% sensitivity.Conclusion: The present study shows that by using the high specific primers for detection of the mentioned genes of the Pseudomonas aeruginosa. The conventional PCR assay detected the early colonization of the organism in Cystic Fibrosis patients with more sensitivity and specificity before several mounts to obtain positive culture. Indeed PCR assay with high specific primers has more sensitivity and specificity as a rapid and accurate diagnosis of the organism in other deadly infections by using the direct clinical specimens.

Upgrade to premium to download articles

Sign up to access the full text

Already have an account?login

similar resources

مقایسه دو روش PCR مستقیم و PCR با DNA استخراج‌شده توس‌کیت برای ردیابی ژن‌هایOPrL ،ExoA ، algDدر ایزوله‌های بالینی سودوموناس آئروژینوزا

زمینه و هدف: سودوموناس آئروژینوزا، یکی از رایج‌ترین عوامل عفونت‌های بیمارستانی محسوب می‌شود. بیشتر آزمایشگاه‌ها به‌طور معمول برای شناسایی سودوموناس آئروژینوزا، از روش کشت و تست‌های بیوشیمیایی مختلف استفاده می‌کنند که روشی وقت‌گیر بوده و در برخی موارد دارای نتایج مثبت و منفی کاذب می‌باشد. هدف از انجام این پژوهش مقایسه دو روش مولکولی PCR با استفاده از DNA استخراج‌شده با کیت و PCR با استفاده از کل...

full text

تشخیص سریع باکتری سودوموناس آئروژینوزا به روش PCR با استفاده از پرایمرهای اختصاصی ژن LasI سیستم کروم سنسینگ باکتری

چکیده زمینه و هدف: سودوموناس آئروژینوزا یک باکتری پاتوژن فرصت طلب بیمارستانی است که به علت دارا بودن مقاومت ذاتی و اکتسابی به آنتی‌بیوتیک‌های معمول مرگ و میر ناشی از عفونت‌های آن بسیار شایع می‌باشد لذا شناسایی سریع و دقیق باکتری می تواند در کنترل عفونت و کاهش مرگ و میر موثر باشد. هدف این مطالعه، ارزیابی استفاده از روشی سریع با اختصاصیت و حساسیت بالا بر پایه واکنش زنجیره پلی‌مراز و با استفاده ا...

full text

تشخیص سریع باکتری سودوموناس آئروژینوزا به روش pcr با استفاده از پرایمرهای اختصاصی ژن lasi سیستم کروم سنسینگ باکتری

چکیده زمینه و هدف: سودوموناس آئروژینوزا یک باکتری پاتوژن فرصت طلب بیمارستانی است که به علت دارا بودن مقاومت ذاتی و اکتسابی به آنتی بیوتیک های معمول مرگ و میر ناشی از عفونت های آن بسیار شایع می باشد لذا شناسایی سریع و دقیق باکتری می تواند در کنترل عفونت و کاهش مرگ و میر موثر باشد. هدف این مطالعه، ارزیابی استفاده از روشی سریع با اختصاصیت و حساسیت بالا بر پایه واکنش زنجیره پلی مراز و با استفاده از...

full text

شناسایی سودوموناس آئروژینوزا جدا شده از نمونه‌های تنفسی با استفاده ازواکنش زنجیره ای پلیمراز(PCR) اختصاصی ژنهای لیپوپروتئین غشای خارجی oprL و oprI و اگزوتوکسین A

Background: Pseudomonas aeruginosa has emerged as one of the most important nasocomial pathogen resulting in morbidity and mortality rates. The aim of this research was to PCR identification of P. aeruginosa isolated from tracheal samples based on the amplification of I lipoprotein (oprI) for detection of genus and L lipoprotein (oprL) for detection of species and Exotoxin A (toxA) gene. ...

full text

طراحی پرایمرهای اختصاصی برای مطالعه تنوع تک نوکلئوتیدی (SNP) در ژن ها و تعیین عملکرد آنها

There is a lot of information about genes sequence but their functions are still unknown. So, to fill the gap between structure and function of these sequences many reverse genetic researches have been done. Current experiment studying, how to design gene-specific primers, that can determine single nucleotide diversity and its impact on gene function.This research was condacted at International...

full text

شناسایی سودوموناس آئروژینوزا جدا شده از نمونه های تنفسی با استفاده ازواکنش زنجیره ای پلیمراز(pcr) اختصاصی ژنهای لیپوپروتئین غشای خارجی oprl و opri و اگزوتوکسین a

ø مقدمه: سودوموناس آئروژینوزا از مهمترین عوامل مرگ و میر ناشی از عفونت های بیمارستانی می باشد. با توجه به اهمیت تشخیص سریع این باکتری و اشکالات موجود در روش های بیوشیمیایی در شناسایی این باکتری، هدف بررسی توانایی آزمون pcr دو ژن اختصاصی جنس و گونه opri و oprl و ژن اگزوتوکسین a ( toxa ) در شناسایی سودوموناس آئروژینوزا جدا شده از نمونه های تنفسی می باشد. ø مواد و روش ها: 120 نمونه سودوموناس آئروژ...

full text

My Resources

Save resource for easier access later

Save to my library Already added to my library

{@ msg_add @}


Journal title

volume 71  issue None

pages  493- 501

publication date 2013-11

By following a journal you will be notified via email when a new issue of this journal is published.

Keywords

No Keywords

Hosted on Doprax cloud platform doprax.com

copyright © 2015-2023